永禄5年（1562年）に六角氏が京に侵攻すると、将軍・義輝、三好長慶は一時京から逃れるが、貞孝は六角氏占領下の京に止まり政務を行ったことで怒りを買う。義輝・長慶陣営が京を奪還すると貞孝は更迭されて失脚。復権を目指し挙兵するも、戦死した。<br>
これにより、長く続いた伊勢氏による政所支配の歴史に終止符が打たれた。