江戸時代初期の医師で、江戸幕府の奥医師を務めた。徳川秀忠に仕える。慶長10年（1605年）に父の死により奥医師と家督を継ぎ、法印に叙任される。慶長19年（1614年）と慶長20年（1615年）の大坂の陣に従軍。元和9年（1623年）には秀忠の京都上洛に供奉し、昇殿を許される。寛永諸家系図伝に「長有」として掲載され、後に諱を長祇に変えた。正保4年（1647年）に死去し、墓所は下谷広徳寺。家督は子の長眞が継いだ。享年56。