嘉吉元年（1441年）1月29日、兄・持国が6代将軍・足利義教（義持の弟）の怒りに触れて家督を更迭されると、家臣の遊佐氏・斎藤氏らに擁立されて当主となった。しかし、6月24日に義教が赤松満祐に暗殺される（嘉吉の乱）と持国が赦免され、持永は7月4日に京都から出奔、越中に逃れたが、持国方に打ち破られた。