父の従兄弟（従伯父）であった細川高国の養子となる。細川晴元に攻められ自害した養父と、その晴元方に転じて生き残りを模索しながら殺害された実父、2人の仇を討つべく晴元打倒の機を窺い続けた。
1538年以降断続的に蜂起し続け、当初は晴元の圧倒的な勢力の前に劣勢であったが、晴元方の中核・三好長慶の寝返りが決定打となり、晴元を京から追放。細川京兆家の当主となる。