天平宝字2年（758年）、孝謙天皇から譲位を受けて即位するが、実権は藤原仲麻呂が握った。仲麻呂の推挙により太政大臣として専横を行ったが、孝謙上皇との対立が激化。天平宝字8年（764年）に仲麻呂の乱が発生し、天皇は支持を失った。同年、上皇により廃位され淡路国に流される。翌年、逃亡を試みたが捕えられ、淡路で薨去。のちに明治時代に「淳仁天皇」と諡号を賜る。陵は兵庫県南あわじ市の淡路陵にある。