従兄の9代将軍・足利義尚が早世したため後継者として上洛し将軍に就任。就任後は管領・細川政元と対立し、明応2年（1493年）には将軍職を廃され幽閉される（明応の政変）。
脱出したのちは周防の大内義興の支援を受け、永正5年（1508年）に京都を占領、将軍職に復帰した。しかし、大内義興が周防に帰国すると管領・細川高国と対立。再び将軍職を奪われ、逃亡先の阿波で死去した。