文明9年（1477年）、父・義視に伴われて美濃国に亡命した。長享3年（1489年）、早世した従兄で9代将軍の足利義尚と彼に続いて死去した伯父・足利義政の後継者として上洛し、第10代将軍に就任した。
その後、管領・細川政元と対立、明応2年（1493年）将軍職を廃され幽閉されたが（明応の政変）、脱出して越中国、ついで越前国へ逃れ、諸大名の軍事力を動員して京都回復・将軍復職をめざして逃亡生活を送った。
周防国の大内義興の支援を得て、永正5年（1508年）に京都を占領、将軍職に復帰した。しかし、大内義興が周防国に帰国すると管領・細川高国（政元の養子）と対立、大永元年（1521年）に細川晴元・細川持隆を頼り京都を出奔して将軍職を奪われ、大永3年（1523年）逃亡先の阿波国で死去した。