室町幕府13代将軍・足利義輝に仕え、その死後は織田信長の協力を得て15代将軍・足利義昭の擁立に尽力する。後に義昭が信長に敵対して京都を追われると信長に仕え、丹後国宮津11万石の大名となった。
本能寺の変の後、信長の死に殉じて剃髪し家督を譲ったが、その後も豊臣秀吉、徳川家康に仕えて重用され、子孫は肥後細川家として現代まで続いている。
また、二条流の歌道伝承者・三条西実枝から古今伝授を受けた、当代一流の文化人でもあった。