細川京兆家14代当主。細川宗家の京兆家当主・細川政元の養子となる。政元は、当時管領として幕府で重きを為していたが、跡継ぎがないため3人の養子を迎え、後継者候補が並立する状態を作ってしまった。
澄元は同じく政元の養子・高国と争い、一時は政権を奪取するに至る。しかしすぐに高国方の反撃を受け敗走。度々挽回を図るが、果たせないまま死去した。