応仁2年（1468年）、父の死去により家督と守護職を継承。祖父も文明2年（1470年）に死去し、権力を引き継ぐが、叔父政光と多賀清直が反発し、兄の乙童子丸を擁立して西軍へ寝返る「京極騒乱」が勃発。叔父政経と守護代多賀高忠の補佐を受けつつ東軍に留まるが、文明3年（1471年）に夭折。家督は政経が継ぐも、乙童子丸派との抗争が続き、京極氏の弱体化を招く。