管領・細川高国に擁立され室町幕府第12代征夷大将軍に就任するも、その後も自身とその兄弟である足利義維、それぞれを支持する大名同士の主導権争いに翻弄され、不安定な政治基盤が続いた。
大物崩れで大きな後ろ盾であった高国を失ったのちは、管領・細川晴元との対立、三好長慶との対立などもあり、京を離れて政務を行うことを余儀なくされる時期も多かった。