管領・細川高国に擁立され室町幕府12代将軍に就任するも、その後も自身とその兄弟である足利義維、それぞれを支持する大名同士の主導権争いに翻弄され、不安定な政治基盤が続いた。
後ろ盾の高国を「大物崩れ」で失ったのちは、管領・細川晴元との対立、三好長慶との対立などもあり、京を離れて政務を行う時期が続いた。