乙巳の変（皇極天皇4年（645年））で皇極天皇が譲位し、孝徳天皇が即位すると彼の皇后となった。孝徳天皇とは不仲であり、兄の葛城皇子（後の天智天皇）と共に飛鳥に戻る。孝徳天皇の崩御後、一時的に天皇の役割を担った可能性があるとされるが、詳細は不明。天智天皇4年（665年）に崩御し、斉明天皇陵に合葬された。『万葉集』に「中皇命」として詠まれた可能性があり、彼女の歴史的役割に関しては諸説ある。