反正天皇が皇太子を定めずして崩御したため、群臣の相談により天皇（大王）に推挙された。病気を理由に再三辞退して空位が続いたが、妻の忍坂大中姫の強い要請を受け即位。氏姓制度の乱れを正すため、飛鳥甘樫丘で神判を行い、身分制度の再整備を進めた。後年、長男の木梨軽皇子を皇太子とするが、群臣の支持を得られず粛清され、弟の穴穂皇子が即位することとなった（安康天皇）。