正応6年（1293年）、前年に元より外交使節が到来し元軍襲来の危険性が高まったとして、執権・北条貞時の命を受け、軍勢を引き連れて九州に下向した。これをもって初代鎮西探題とされる。九州の御家人を動員し、異国警固体制を強化した。結局、元軍の襲来はなく、兼時は鎌倉に帰還し評定衆として幕政に参与した。