江戸時代前期の志摩国鳥羽藩の世嗣である。明暦2年（1656年）に徳川家綱に御目見し、万治2年（1659年）に従五位下・志摩守に叙任される。鳥羽藩嫡子として期待されるが、寛文11年（1671年）に病気のため廃嫡される。代わりに弟・忠勝が嫡子となるが、延宝8年（1680年）に事件を起こし、内藤家は断絶した。忠次はその後、宝永元年（1704年）に60歳で死去する。