能登の守護大名。明応9年（1500年）に弟の畠山慶致を擁立する守護代・遊佐統秀らにより、一時越後に追放された。<br>
しかし永正3年（1506年）、北陸において大規模な一向一揆が起こると、畠山氏内部で義元の復帰を望む動きが起こる。永正5年（1508年）、第10代将軍であった足利義稙が大内義興に擁されて上洛して復権を果たすと、義稙派であった義元陣営の巻き返しが本格化し、当主に復帰した。