伊勢津藩第2代藩主。慶長6年（1602年）、藤堂高虎の嫡男として誕生。父高虎の死後、寛永7年（1630年）に藩主を継承。寛永9年（1632年）に江戸城の復興や日光の大猷院霊廟の石垣普請を行い、津藩の財政が悪化。年貢増収や新田開発を推進し財政再建に努めたが、普請費用が重荷となり、財政難が続いた。寛文9年（1669年）に隠居し、延宝4年（1676年）に死去。名張藤堂家との対立が続き、家督を長男高久に譲った。