村上源氏嫡流の左大臣・源俊房の子として生まれ、真言宗の僧の最高位である阿闍梨にまで上り詰めた。<br>
後三条天皇はその死に際し、次代の天皇に輔仁親王を据えることを遺言した。しかし即位した白河天皇はこれを反故にし、堀河天皇、次いで鳥羽天皇を即位させたため、輔仁親王を後見する村上源氏は不満を募らせた。永久元年（1113年）、仁寛は輔仁親王を皇位に就けるべく鳥羽天皇の暗殺を謀ったが露見し、伊豆に流された（永久の変）。