伊勢国津藩の藤堂出雲家第3代当主。正保2年（1645年）に津藩騎将藤堂高英の子として生まれる。承応元年（1652年）には幕府の証人として江戸に下り、その後も江戸に留まる。寛文8年（1668年）に津へ戻り、元禄17年（1704年）に知行7000石を相続し、家督を継ぐ。宝永8年（1711年）に隠居し、同年に67歳で死去。出雲家の血統は藤堂高治を通じて津藩、久居藩の藩主として続く。