江戸屋敷で生まれた後、元禄4年（1691年）に清貞と名乗る。元禄9年（1696年）から父と共に二元政治を行い、従五位下、織部正に叙任される。元禄10年（1697年）、遠江守に転任し、その翌年に清遥と改名。享保10年（1725年）に父の死去に伴い藩主となる。享保の大飢饉での治安回復に努めるが、部落差別的な法令も施行する。寛保元年（1741年）には忠基と改名し、宝暦2年（1752年）に71歳で死去。嫡男が早世していたため、六男の忠総が跡を継ぐ。