寛正3年（1462年）、兄の教基が男子なくして死去したのに伴い、政家が近衛家を嗣ぐことになる。
近衛家は藤原氏嫡流として、藤原道長の日記『御堂関白記』をはじめとして、先祖代々の日記や朝廷儀式の記録など重要な文書を相伝してきた。政家は応仁・文明の乱に際し、これら大量の古文書を京都北郊の岩倉に運び出した。このため、乱の最中に近衛家の邸宅は焼失したものの、古文書類は難を逃れ後世に伝えられることとなった。