587年8月、丁未の乱で朝廷軍に味方するが、これ以降史書に登場しない。難波皇子自身は若くして亡くなった可能性が高いが、橘・路真人・甘南備（かんなび）真人・飛多（ひた）真人・英多（あがた）真人・大宅真人など数多くの氏族の祖先となっており、現代の皇室にその血脈は受け継がれている。