中大兄皇子が645年（皇極天皇4年）に乙巳の変を起こし、蘇我入鹿を暗殺し、続いて蘇我蝦夷を自害に追い込む。孝徳天皇を即位させ、皇太子として大化の改新を進める。661年、斉明天皇と共に百済復興を目指し白村江の戦いを指揮するも敗北。667年には近江大津宮に遷都し、668年に即位。国内政策として国土防衛を強化し、庚午年籍を作成。671年の病重態を経て、672年に崩御。大友皇子に皇位を継がせるも、壬申の乱で大海人皇子が即位し、天武天皇となる。