父・義朝は平治の乱で討たれ、兄・頼朝が流罪となったのち、坊門姫は都で密かに匿われて育てられた。のちに一条能保の妻となり、この縁戚関係が兄・頼朝にとっても都との重要な接点となった。
建久元年（1190年）、難産により死去。尚、源氏将軍が3代で絶えた後は坊門姫の子孫から次期将軍が迎えられている。